O posledních letech jeho života, která Komenský po zkáze Lešna prožíval v Amsterdamu (1656–1670), do jisté míry platí konstatování Josefa Pekaře: „…posílá-li [Komenský] r. 1667 do světa svého Anděla míru, píše-li potom ve své Panegersii vroucí a výmluvná slova o zlu nenávisti národní a náboženské, o svobodě a rovnosti ve světoobčanství – zda tu nejde zároveň o plod poznání, že rady meče a války skončily nezdarem a zklamáním a že jen pokrokem osvícení a svobody lze dospěti k cíli?“
Komenskému ovšem nešlo o osvícení v (po)osvícenském významu tohoto slova, ale o osvícení, které by se týkalo celého člověka a lidstva a zahrnovalo veškeré lidské poznání, tedy také či především poznání na základě Božího zjevení. Psal o tom jak ve své duchovní závěti Jedno potřebné z roku 1668, tak i v Obecné poradě o nápravě věcí lidských, která vznikala v průběhu celého posledního čtvrtstoletí jeho života. Toto dílo se skládá ze sedmi knih (Panegersie, Panaugie, Pansofie, Pampaedie, Panglottie, Panorthosie a Pannunthesie). V Panaugii (Všeobecném osvícení) Komenský položil důraz na trojí způsob lidského poznání na základě smyslů, rozumu a víry v Boží zjevení. Všichni lidé jsou takto stejným způsobem disponováni k poznání téže pravdy.
V době historika Pekaře nebylo ještě všech sedm knih Komenského životního díla známých – nedokončená Obecná porada byla v latinském originále vydána až v roce 1966 a v českém překladu dokonce až k 300. výročí Komenského narození roku 1992.
Ještě mnohem později – teprve zcela nedávno – se díky německým komeniologům dočkal zpřístupnění neméně pozoruhodný a na českou edici dodnes čekající rovněž sedmidílný soubor protisociniánských spisů, kterým Komenský v době nastupujícího náboženského racionalismu učinil obrovskou práci pro vyjasnění a obhájení základů křesťanské věrouky. Jedná se o sedm prací, donedávna dostupných jen ve vydáních z doby Komenského působení v Amsterdamu: O otázce, zda Pán Ježíš vstal z mrtvých vlastní mocí, O jediném Bohu křesťanů, Otci, Synu a Duchu Svatém, Napomenutí o smíření iréniků, O novém sociniánském irenickém spisu opětovné napomenutí křesťanům, Zrcadlo sociniánství, Oko víry a Napomenutí třetí.
Označení „sociniáni“ se v užším slova smyslu používalo pro antitrinitářskou sektu založenou italskými reformátory Leliem Sozzinim (1525–1562) a Faustem Sozzinim (1539–1604), v širším smyslu pak pro všechny náboženské racionalisty popírající Boží trojjedinost a vůbec tajemství víry, která přesahují lidský rozum. S jistým zjednodušením lze říci, že racionalistická logika tohoto druhu se předtím naposledy objevila v pozdní antice u Areia a ariánů, proti nimž tehdy víru v Trojici a božství Krista uhájil biskup Athanasius. Středověké křesťanstvo pak vždy rozlišovalo mezi věcmi protirozumovými a nadrozumovými a nové problémy začali až s raně novověkými racionalisty, kteří na toto rozlišování zapomněli nebo je odmítli.
Komenského zápas s antitrinitáři jeho doby připomíná o třináct století dřívější Athanasiův zápas s ariánstvím. Svatý Athanasius tento boj vedl až do své smrti ve vysokém věku a také Komenskému jako duchovnímu pastýři ležela v době jeho působení v Amsterdamu velmi na srdci pravá víra křesťanů v Krista-spasitele, v Nizozemí ohrožená hlásáním sociniánských bludů. Jeho hlavním protivníkem byl socinián Zwicker, s nímž Komenský polemizoval mj. ve třech „napomenutích“. Obzvlášť dojemný text z doby těchto polemik představuje dopis utrechtské teologické fakultě z roku 1662, v němž se Komenský představil jako pastýř hájící křesťanský „ovčinec“ roti „sociniánskému vlkovi“, který do něj pronikl, a zakončil jej tímto podpisem:
„Váš spolubratr a spoluslužebník v Pánu (který se, i když už je v 71. roce svého života, ve 46. roce své posvátné služby a ve 30. roce svého biskupského úřadu veteránem Kristovým, přesto cítí být až do svého posledního dechu zavázán povzbuzovat věřící, aby kdykoliv je to nutné, beze strachu napomáhali věci Kristově) Jan A. Komenský.“
Vroucný christocentrismus Komenského představoval první a základní motivaci jeho odporu proti útoku sociniánů na Kristovu božskou přirozenost i proti relativismu, který by chtěl na úkor víry v Krista stírat rozdíly mezi různými náboženskými vyznáními. Víra v Krista jako pravého Boha i pravého člověka byla ovšem pro Komenského zásadní také proto, že hrála rozhodující roli v jeho projektu všeobecné nápravy věcí lidských. Ta je totiž možná jen jako vtažení lidského světa do vnitrotrojičního procesu v Kristu jako bohočlověku. Vztah mezi Bohem a světem, lidstvem a dějinami je v Komenského pohledu bytostně založený ve sdílení Trojice, zatímco antitrinitářská teologie je odsouzená k jeho naprostému nepochopení.
Stále ještě není dostatečně známé, že v závěrečném období svého života už Komenský nepolemizoval ani tak s katolíky jako spíš s racionalisty typu sociniánů či následovníků Descarta a Spinozy. Jeho téměř až prorocká intuice mu nakonec napověděla, že v budoucnu nepovede dělící čára mezi katolíky a evangelíky, ale spíš mezi těmi, kdo budou chtít následovat Boží zjevení s rozumem osvíceným vírou, a těmi, kteří se budou spoléhat jen na samotný lidský rozum a odmítat vše, co jej přesahuje. Neméně pozoruhodná byla i jeho intuice, že by se centrum světového křesťanství mohlo v budoucnu přesunout z Evropy na jiné kontinenty. Když se Komenský ve sborníku O dobru jednoty, řádu, kázně a poslušnosti v církvi z roku 1660 zamýšlel nad odkazem nešťastné Jednoty bratrské křesťanstvu své doby, vyslovil očekávání, že selhání evropských křesťanů Bůh promění v požehnání pro pohanské národy. Komenský na sklonku svého života očekával průlom evangelia v Asii, Africe a Americe a velmi se zajímal o zprávy na těchto kontinentech působících misionářů, zvláště také jezuitských.
Tento zájem je zřejmý především z posledního Komenského nedokončeného rukopisu Křiky Eliášovy. Komenský, který toužil připravovat cestu vytouženému příchodu království Kristova, jej původně koncipoval jako apel k národům světa, aby se podílely na eschatologické obnově světa, v Bibli spojované s postavou proroka Eliáše. V průběhu posledních pěti let jeho života se však toto dílo postupně měnilo spíše v zápisník, do kterého si Komenský zapisoval své myšlenky a vize.
Lze z něj tedy vyčíst i vývoj jeho myšlení v průběhu let 1665–1670, který byl pozoruhodný především právě ve vztahu ke katolíkům a jezuitům. Zpočátku ještě vůči „papežencům“ převažovaly nesmiřitelné postoje spojené s představou, že papežský „Babylon“ je určen ke zkáze a jezuité k vyhubení, současně se však Komenský zaobíral i plánem jednat s papežem a jezuity „po dobrém” a získat je pro svou všenápravnou vizi. Jeho vidění světa se pozvolna posouvalo od konfesionalismu k ekumenismu a Komenský už – v rámci svého konceptu „nápravy věcí lidských“ zcela logicky – neměl na mysli jen prospěch evangelictva, ale celého lidstva. Křesťanstvo začínal vnímat jako jeden celek, v jehož rámci již jezuité nebyli jen protivníky, ale naopak potenciálními spolupracovníky. Možnost jejich reformování k nesektářskému chápání křesťanství se mu najednou zdála být dokonce reálnější než u zástupců reformovaných vyznání, když v Křicích píše:
„…k jezuítum jen přátelsky se míti, a poněvadž oni do všeho světa přístup mají – je získati hleděti. Získáme-li je, svět získáme – Sic my sami kde lidí nabereme? My v Jednotě žádného nemáme, z luteránů a reformovaných řídcí se hodí pro přílišné partajství; a k tomu jak je shledávati? Tuto by všecko bylo hotové – “
Před svým odchodem na věčnost z 15. listopadu 1670 se sice Komenský označil za „nešťastného posledního seniora“ Jednoty bratrské, současně však věřil, že jejím dědicem bude větší jednota, která by mohla zahrnout všechny křesťany nebo i všechny lidi. Bohužel nám však i 350 let po smrti tohoto vizionáře k překonání „partajství“ pořád ještě zbývá ujít kus cesty…
